Validatie
Alle waarnemingen in de NDFF worden gevalideerd voordat ze worden opgeslagen, zodat ze voldoen aan de strenge kwaliteitseisen die de NDFF stelt. Voor het genereren van verspreidingskaarten, het formuleren van beleidsadviezen, het plannen van ruimtelijke ontwikkelingen, het uitvoeren van wetenschappelijk onderzoek en voor andere toepassingen van de NDFF is het van belang dat de gegevens vergelijkbaar zijn. Dat houdt in dat ze allemaal op dezelfde manier moeten worden gevalideerd en opgeslagen. Zo worden vergissingen voorkomen en kunnen verspreidingsgegevens op de juiste manier worden geïnterpreteerd.
Automatische validatie
De waarnemingen worden eerst gecontroleerd op soort, aantal, datum en locatie binnen Nederland. Daarna vindt de inhoudelijke validatie plaats op grond van kennisregels. Daarbij wordt getoetst op verschillende criteria zoals tijd van het jaar of vindplaats. Bijvoorbeeld: een waarneming van een vlinder in december, terwijl deze soort alleen in augustus vliegt is zeer onwaarschijnlijk en moet nader worden bekeken. Dit gebeurt bij de handmatige validatie.
Handmatige validatie
Alle waarnemingen die niet voldoen aan de gestelde criteria worden handmatig gecontroleerd door een validatieteam. Ongeveer 10% van de ingevoerde waarnemingen komt bij hen terecht. Wanneer er twijfel bestaat over de waarneming, doet een validator navraag bij de betreffende waarnemer(s). In overleg besluiten zij of de waarneming juist is.
Zekerheid
Het gaat bij validatie niet om fouten. Als een waarneming niet wordt goedgekeurd, betekent dat alleen dat er onvoldoende zekerheid of bewijs geleverd kan worden om gebruik van de waarneming te rechtvaardigen. Zo’n waarneming is niet zichtbaar voor gebruikers van de NDFF, maar blijft wel zichtbaar voor de waarnemer zelf.